Efrain Morales est un produit de l'Académie d'Atlanta United, qui a signé son premier contrat professionnel le 13 août 2020. Il a débuté sa carrière professionnelle avec Atlanta United 2 en USL Championship deux jours plus tard. Avec l'équipe réserve d'Atlanta, Morales a accumulé 5 526 minutes de jeu en 74 matchs, marquant trois buts et ajoutant une passe décisive en trois saisons de USL Championship et trois saisons de MLS NEXT Pro.
Morales a joué son tout premier match pour Atlanta United lors d'une victoire 3-0 aux dépens du Charlotte Independence au quatrième tour de l'U.S. Open Cup le 7 mai 2024. En deux saisons de MLS, Morales a joué 648 minutes en neuf matchs et a récolté une passe décisive. Il a également participé à trois matchs de l'U.S. Open Cup. Il a rejoint le Bleu-blanc-noir le 23 juillet 2025.
Né à Decatur, en Géorgie, Morales représente la Bolivie sur la scène internationale. Après avoir représenté la Bolivie aux championnats de la Conmebol U20 en 2023, Morales a été sélectionné pour la première fois avec l'équipe nationale senior lors d'un match de qualification pour la Coupe du monde 2026 contre l'Équateur le 15 novembre 2024. Il compte aujourd'hui six sélections avec l'équipe nationale de Bolivie.
